En una entrevista con Aristegui, Bárcena expresó en 2024: “Hice un recorrido corto por el Tren Maya y quisiera profundizar para evaluar los efectos e impactos, y determinar las medidas necesarias para restaurar. Habrá daños irreversibles, como en otros proyectos de desarrollo, pero también oportunidades de recuperación”. Además, destacó el potencial del tren para conectar zonas arqueológicas y naturales, proponiendo que se convierta en un “recorrido de biodiversidad y cultura” que preserve los ecosistemas mayas. Sin embargo, sus palabras contrastan con la magnitud del daño documentado.
Diversos reportes han recopilado las principales afectaciones del Tren Maya, que impactó la flora, la fauna, los cenotes y los ecosistemas selváticos de Chiapas, Tabasco, Campeche, Yucatán y Quintana Roo. Según una solicitud de transparencia que divulgó Animal Político, la construcción implicó la tala de más de 7 millones de árboles entre 2019 y 2023. El Tramo 5 (Cancún-Tulum) fue el más afectado, con 3.5 millones de árboles talados, seguido por el Tramo 6 (Tulum-Chetumal), con 2.6 millones, de acuerdo con datos de Fonatur.
La devastación no se limitó a la vegetación. Medios de comunicación y organizaciones han documentado cómo el tren dividió ecosistemas, fragmentando corredores biológicos esenciales. Una imagen viral de un venado en un sendero deforestado expuso la gravedad de las alteraciones en el sureste mexicano.
Aunque el gobierno presumió acciones de rescate de fauna, trabajadores del INAH revelaron para EMEEQUIS en 2023 que los esfuerzos para salvar animales como iguanas, tarántulas y tortugas carecían de protocolos oficiales y supervisión de biólogos.
A pesar de las promesas ambientales, Fonatur admitió en respuestas a solicitudes de transparencia no contar con registros de animales muertos por la obra. Sin embargo, testimonios de trabajadores y activistas recopilados por esta casa editorial documentaron muertes accidentales, además de casos de caza y robo de especies.
La tala masiva ha desplazado fauna y destruido hábitats clave, especialmente en el Tramo 5. Organizaciones como Selvame del Tren alertan sobre el impacto en cenotes, aguadas y cuevas, esenciales para la biodiversidad. Aunque Semarnat asegura haber protegido a más de 2,000 ejemplares, no informa sobre los que no sobrevivieron.

Documentos obtenidos por EMEEQUIS confirmaron que el gobierno conocía los riesgos para la fauna, pero omitió detalles sobre el daño causado.
Desde 2023, EMEEQUIS documentó muertes accidentales de iguanas, boas y serpientes durante la tala, incluso con herramientas como motosierras. En un caso, se reportó la muerte de una tortuga durante el despalme, y entre enero y abril de 2024, la Sedena admitió la muerte de 17 animales (12 ovinos, 2 caninos y 3 bovinos), sin especificar especies ni circunstancias. Los informes oficiales minimizan los rescates —por ejemplo, solo 3 tarántulas y 2 tortugas en 7 km de desmonte— y carecen de evidencia sobre madrigueras o nidos destruidos.
Alexis (seudónimo), otro trabajador del INAH correspondiente al tramo 7 del Tren Maya, contó a EMEEQUIS que hubo casos en los que los trabajadores “han querido cazarlos para consumo, pero los equipos de ambiental (ingenieros y biólogos) andan detrás de ellos e incluso uno como arqueólogo trata de incentivar a los compañeros que detectan un animalito”.
Sin embargo, las obras provocaron el desplazamiento de animales. “Cuando llega la maquinaria, ya no hay, se han ido”.
También ha sabido de trabajadores que han querido robar animales: “Sí, el año pasado se encontraron unos armadillos que los trabajadores querían para un remedio, pero fueron descubiertos y sólo se les sancionó verbalmente”.

El Tren Maya también destruyó ecosistemas enteros para especies, como tortugas. En uno de los informes, emitido el 24 de octubre de 2022, se narra el despalme y tala de una zona en donde se encontraba un amplio número de tortugas. Es decir, un hábitat entero de charcas donde estos animales vivían en paz. Según el documento emitido por la Secretaría de Medio Ambiente, la destrucción de este hábitat se realizó de la siguiente manera:
“Se aplanaron aproximadamente 1,000 metros de caminos de acceso desde el tramo de Puerto Morelos al Aeropuerto sobre el derecho de vía. El desmonte del banco de materiales del frente (Lausana) cuenta con 8.3 hectáreas de desmonte de 20 que se pretende desmontar de las 40 hectáreas del banco”.
“La fauna rescatada comprendió 34 tortugas de diversas especies debido a que éstas se encuentran en las charcas de la zona”. Una vez más, no se mencionan las especies afectadas y no se detalla si la zona representaba un ecosistema establecido para ellas.
El 13 de febrero de 2023, durante la mañanera del entonces presidente, María Luisa Albores, quien era titular de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat), dijo que su dependencia había brindado protección a 2 mil 137 especies de fauna, entre ellas 245 reptiles, 22 anfibios y 209 mamíferos. Claro, no dio cifras sobre la cantidad de animales muertos durante las obras.
GREENPEACE Y LAS IRREGULARIDADES AMBIENTALES DEL TREN MAYA
A pesar de más de 50 amparos legales, críticas de organizaciones como Greenpeace, CEMDA y la ONU, y la falta de estudios ambientales adecuados, el proyecto del Tren Maya continuó. Con más de 10 millones de árboles talados, según la estimación de Greenpeace, la obra ya atraviesa cinco estados y áreas protegidas como la Selva Maya, uno de los pulmones de México.
El Tramo 5 (Cancún-Tulum) generó especial preocupación por su impacto en cuevas, acuíferos y la biodiversidad en un terreno kárstico vulnerable al colapso y la contaminación. Grupo México abandonó el proyecto por inviabilidad técnica, y el Conacyt advirtió sobre daños críticos.
Greenpeace también advirtió que la población de jaguares y la mayor reserva de agua dulce del país estaban en riesgo. En Calakmul, Campeche, el tren fragmentó una reserva declarada Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.
Comunidades indígenas y ambientalistas denunciaron que el proyecto ignora los derechos locales y amenaza ecosistemas clave frente al cambio climático. Sin embargo, 2025, Greenpeace México reconoció como un avance que Semarnat admitiera los daños y anunciara un Plan Integral de Restauración para la Península de Yucatán. Aunque advirtió que este esfuerzo requiere la participación activa de comunidades y expertos para evitar quedar en una simulación.
(Emeequis).